Dans les vallées entre les collines, on trouve de nombreux lacs calmes, formés par l’activité volcanique. Les lacs de Menghuan, de Hsiangten et de Huangtsui sont le milieu naturel de nombreuses plantes aquatiques, dont la plus connue est sans doute l’échalote de Taïwan, qu’on trouve sur le lac de Menghuan. Ce nom est en fait erroné, car la plante a seulement l’apparence d’une échalote, mais est en fait une sorte de fougère. Les autres plantes aquatiques sont la châtaigne d’eau chinoise, les nymphéas, et les boules de mousse par exemple.
La floraison dans le parc du Yangmingshan est un des temps forts de l’année pour les habitants de Taipei. On trouve rhododendrons et azalées à la fois dans les espaces cultivés, comme le parc naturel, mais aussi de manière sauvage dans les zones de forêts de feuillus. Bien sûr, les cerisiers en fleurs sont également une attraction lors de la saison de la floraison. Les cerisiers, qui fleurissent en hiver, sont parmi les premiers arbres de l’année à bourgeonner. La floraison commence fin février et dure environ un mois, selon la météo. Pendant cette période, les véhicules motorisés n’ont qu’un accès limité au parc le week-end, du fait de la grande affluence des visiteurs.