Matsu doit son nom à la déesse taoïste Mazu. La légende parle d’une petite fille sage appelée Lin Moniang qui vécut à l'époque du règne de l’empereur Song Taizu (960-975). Elle raconte que cette petite fille se jeta courageusement dans la mer pour sauver son père de la noyade et qu’elle y trouva elle-même la mort. Le corps sans vie de la petite fille fut rejeté sur une île. C’est pour lui rendre hommage que le nom de Mazu fut donné à cette île.

Mazu a longtemps été une petite île de pêcheurs. Mais lorsque les nationalistes, dirigés par Tchang Kaï-chek, fuirent à Taïwan, les deux groupes de l’île Mazu et Kinmen devinrent la ligne de défense de la République de Chine. De nombreux soldats furent stationnés sur les îles, contribuant ainsi à son essor économique considérable. En 2001, dans le cadre d’une politique de rapprochement, une première liaison avec la République de Chine à partir de Mazu fut ouverte dans les domaines du tourisme, du courrier et du commerce.